8 年前
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罗通和做饼的方师傅同时爱上了美丽温柔的阿冰，两人对阿冰展开了热烈的追求。当方师傅知道阿冰的心中早已经有了罗通时，善良的他选择了放弃，罗通和阿冰顺理成章的走到了一起。
麦芽糖是罗通的挚友，某日，他邂逅了名为小翠的女子，并很快坠入了情网。然而，好友山楂饼于无意之中暴露了小翠妓女的身份，使得麦芽糖自觉受到了背叛和欺骗，对麦芽糖一往情深的小翠亦深感受伤。在朋友们的劝解撮合之下，麦芽糖和小翠总算打开了心结喜结连理，却在结婚当晚被恶霸尤五双双杀死。悲愤之中，罗通决定替好兄弟报仇。。当州长爱上了脱衣女郎。以成为神奇宝贝大师为目标，小智（松本梨香 配音）、小刚（うえだゆうじ 配音）和小霞（豊口めぐみ 配音）带着各自的神奇宝贝在世界各地进行艰苦的修业之旅，今天他们历经长途跋涉终于来到了风景秀美的米琪亚镇。在当地一对小兄妹的介绍下，小智一行前往神殿遗址游玩。谁知却遭遇了极其危险的情况。关键时刻，掌管时间的迪亚鲁加和守卫神殿的西娜（北乃きい 配音）、凯宾（岸祐二 配音）帮助了他们，能与神奇宝贝心灵沟通的西娜还熄灭了冥王龙的怒火。从西娜口中得知，创造了世界的神奇宝贝即将苏醒，它不仅会使时空扭曲错乱，还将为世界带来毁灭性的灾难……
本片为神奇宝贝系列第十二部电影剧场版。。
