13 年前
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泽塔奥特曼是赛罗奥特曼的徒弟，拥有着和赛罗一样的热心肠，是一位非常积极向上的奥特英雄。而且，泽塔非常崇拜他的师父赛罗。赛罗虽然嘴上不承认这个徒弟，但其实心里还是很看好泽塔的。
这次和泽塔奥特曼有关的人类，是一位名叫夏川遥辉的热血青年。遥辉是怪兽应对机甲部队“军械库”的一名队员。
在很久很久以前，由于某种原因，宇宙中出现了一种叫恶魔碎片的东西，它可以让怪兽失去理智。一个神秘的家伙正借助这些恶魔碎片危害四方，并将其魔爪伸向了光之国。
赛罗和他的徒弟泽塔为了守卫家园，主动出击迎战敌人。一场激战过后，泽塔被迫与赛罗分开，独自一人追逐逃跑的怪兽。
泽塔抵达地球的时候，遇到了正在战斗的遥辉。两人的相遇，拉开了故事的序幕。。
