17 年前
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继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。。20世纪70年代末，林场少年秦大陆、霍赛与盗林惯犯王有福儿子王卫东相识。秦大陆救了少女曼珠，并对曼珠产生了爱慕之情。霍赛只能将对曼珠的爱深埋心底。秦大陆和霍赛的父亲护林牺牲，众人怀疑与王有福有关。大陆娘坚强撑起两个破碎的家，将几个没有血缘关系的孩子抚养成人。王卫东与霍赛妹妹红英暗生情愫，却遭到霍赛的反对。大陆意外入狱，地震中霍赛勇救曼珠，曼珠艰难地在两个男人中做出了抉择。立功减刑的大陆放下了对曼珠的爱，投身商海，期间邂逅女商人王丽。盗猎事件真相大白，卫东和红英终成眷属。霍赛为保护曼珠，身负重伤含笑离世。曼珠随医疗队援藏。大陆携手王丽翻开了属于他们的人生一页。。
