25 年前
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军方和汽车人的秘密合作计划面临被取消的危险，而重新复活的威震天和红蜘蛛引领霸天虎军队，密谋夺取能量源，企图在地球掀起又一场腥风血雨。
此时主人公山姆告别相恋的女友米凯拉，要开始自己梦寐以求的大学生活了，但一切似乎都不那么顺利，一块小小的魔方碎片似乎在给予山姆某种启示。为了获取魔方里的信息，霸天虎开始了对山姆的追击，擎天柱为了保护山姆而牺牲，山姆受其感召，决定重新担负起自己的使命。
山姆在自己室友里奥和“机器战士”西蒙斯的帮助下来到了埃及，他们在金字塔里发现了能量源。而此时，霸天虎的军队也赶到了埃及。军方此时有一小队人马也在西荤斯的要求下带着擎天柱的尸体来到了埃及，善恶双方力量在那片金色的沙漠展开了殊死搏斗。。本季将讲述一个全新的故事，一名男高中生在派对上被几名贵族学校的男生“强暴”，并被拍下照片后上传到网络，随后男孩的母亲将贵族高中的两名男学生告上法庭，引发一场震惊全国的案件！。鬼马少女慕晓如和冷峻天才晏随因为“穿云玦”在十五年后再次相遇。上一秒还在书店的慕晓如，下一刻竟意外穿越到小说世界且面临追杀。为寻穿云玦，晏随只能与书灵万万一起进入故事救下晓如。为了离开小说时空，同时帮助晏随回家，二人合作努力完成书中角色逆袭的心愿。随着相处，原本各怀心思的两人逐渐打开了心扉，晏随也为了晓如逐渐放下了回家的执念。然而一场大战后，一直忠心守护二人的万万突然丧失意识要消除小说世界里的所有异类，晏随和晓如被迫进入了混乱的世界，最终他们是否能成功唤醒万万，又能否重获生机呢？。