5 年前
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1979年，昆仑山发现神秘生物骸骨，由胡八一率领的探险队深入昆仑山腹地，寻找有关古生物遗迹的更多秘密，却不料在这个过程中遭到不同神秘生物的轮番攻击，并意外坠入九层妖塔，除胡八一外，一行人生死成谜。
胡八一退伍后回到北京，重逢了发小王凯旋，并在神秘人与科考队两股力量的夹缝中重新踏上了探寻未知文明的征程，途中与Shirley杨邂逅，熟识的面孔唤醒了他身处探险队那段日子的记忆。此行凶险，在还没来得及搞清楚Shirley的真实身份之际，胡八一、Shirley、王胖子率领一行人便在王子墓、石油小镇等地遭到不明生物的轰炸，这里所发生的一切再度指向九层妖塔，而这次等待他们的，将是一个尘封已千年的未解之谜……。为了完成世界第一高难度手术Batista的论文，明真大学的加藤晶（稲森いずみ饰）找到了曾领导过“医龙”（即世界最高水平救命医疗队）的朝田龍太郎（坂口憲二饰）帮忙。虽然在技术上是超一流的天才外科医生，朝田却因过于强烈的自我风格而遭到某些人的厌恶，最后所有的医院都将其拒之门外。
来到明真后，朝田开始着手组建一支team完成手术，但他发现这里的医生似乎都是些碌碌之辈，不关心病人的死活，任何决策都以降低医院死亡率为出发点，就连直属上司野口教授（岸部一徳饰）也仅仅是将病人当作辅助自己登上院长之位的棋子。还由于对参与Batista这样高难度的手术所要承担的风险及手术成功带来的利益，每个人都心知肚明，惊涛骇浪般的明争暗斗一触即发。
谁也没有想到的是，朝田的理想team人选竟锁定在一群“边缘人”上，面对这么一支问题百出的队伍，所有的人都暗捏一把汗。。
