20 年前
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「頼んだぜ、アンちゃん。」 帝の崩御から始まったヤマトの動乱。ヤマトの皇女・アンジュの毒殺未遂の嫌疑から追われる身となった右近衛大将・オシュトル。彼は戦いの末、仮面＜アクルカ＞の力を使い果たし、肉体と魂は世界の一部と化した。その別れ際、友であるハクにアンジュとネコネの未来を託す。 オシュトルから仮面と意思を託されたハクは、ハクとしての人生を捨て、唯一事実を知るネコネを除いた皆に正体を偽り、仮面とともにオシュトルとして生きることを選んだ。 そしてエンナカムイに逃れ、回復の兆しを見せたアンジュは、父である帝が残した皇女の地位を取り戻したいと立ち上がる。一方、ヤマトでは混乱に乗じて、八柱将であるライコウが偽の皇女を擁立し、国を掌握しようとしていた。やがてヤマト軍の侵攻は、本物の皇女を排除すべくエンナカムイへも及び……。ヤマト全土を巻き込む戦乱が、幕を開ける...。市立见泷原中学，又迎来平静祥和的一天。就读于二年级的女孩鹿目圆（悠木碧 配音）和朋友美树沙耶加（喜多村英梨 配音）、志筑仁美（新谷良子 配音）尽情讨论恋爱的话题，享受少女的快乐青春。这时班上转来了名叫晓美焰（斋藤千和 配音）的新生，这个带着些许神秘气质的女孩让小圆颇感疑惑。与沙耶加下学回家路上，小圆听到呼救声，声音来自一只浑身伤痕累累的未知生物，而追杀它的正是晓美焰。危急时刻，她们得到同为见泷原中学学生的魔法少女巴麻美（水桥香织 配音）的帮助，进而得知那只名叫丘比的生物有能够帮助人变成魔法少女的能力。少女们无意间开启了通往另一个世界的大门……
本片为魔法少女的剧场版，分三部上映，由TV版12话重新编集而成。。
