24 年前
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在邪神加坦杰厄和迪迦奥特曼的决战结束后，人类世界迎来了长达两年的和平岁月。这一日，入间队长随同GUTS考古队来到位于南太平洋的远古遗迹露露耶，他们再次发现了业已毁灭的超古代城市以及三尊邪神的石像希特拉（婆裟羅天明 饰）、达拉姆（松田優 饰）及女领袖卡美拉（芳本美代子 饰）。入间极力反对对古迹的触动，但丝毫无法改变上层的决定，最终导致三尊邪神复活，人类再度面临危机。与此同时，圆·大古（长野博 饰）与柳濑·蕾娜（吉本多香美 饰）相知相守，即将步入婚礼的殿堂。可是邪神指挥其爪牙向人类世界发起进攻，早已丧失奥特曼力量的大古，面对当前的危机束手无策。
三千万年前毁灭人类文明的遥远记忆，折磨着重新大古与迪迦奥特曼的神经……。有一个和我们所生存的的地方非常相似，充满了魔力的世界在那里，到处都是战乱和灾荒魔力，那是出现年幼的少女身上，随着年龄的增加渐渐消失的谜一般的力量拥有那种力量的少女们不需要手就能移动东西，使之漂浮空中，还可以借由魔力生成领域来保护别人被称为魔女的她们，受人尊敬，予人畏惧。但是那小小的力量终究无法安定下来魔女从来不会走上历史的舞台，她们只会侍奉在当权者的左右，生存在阴影之中然后到了18世纪，人类迎来了魔力的大革命借由蒸汽机关对魔力进行增幅，使之成为全新的动力来源，人类的发展完成了跳跃性的一步。魔女们成了各地的先驱者，带领魔力增幅机械的技术不断进步增幅后的魔力为工厂提供了巨大的劳动力，就连其产品输送线路的维护也是依靠魔力进行人类的版图开始飞速的扩大……。
