25 年前
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曼哈顿医院接收了一位年轻的女病人，据说她是被不知名的生物强暴了。医院的医生们想尽一切办法想把受害者身上奇怪的物质剔除出来，可是似乎怎么弄也没办法清除乾净。女受害者在半昏迷状态下自己离开了医院，她完全不知道她体内已经不是单纯的人类器官，衍生的物体将会给她最终的宿命.。。第一季的最后一集，当迈克（文特沃斯•米勒 Wentworth Miller 饰）和林肯（多米尼克•珀塞尔 Dominic Purcell 饰）他们跑到黑帮老大阿布鲁奇派来的飞机所停泊的地方时，飞行员因为安全问题而没等到他们就离开了。逃脱的囚犯们只能望天长叹，于是，他们各自展开了逃亡生涯。
FBI追捕逃犯的资深探员马宏在副总统的授权下成为捉捕小组的主管，他决定逐个击破。另一方面，莎拉的父亲因为林肯这起案件而遭灭口，她开始相信麦克了，并从父亲的遗物那里获得蛛丝马迹；副总统的手下Kellerman 前往捉捕林肯的儿子LJ准备拿他当人质时，将LJ一家都杀死了，而却被LJ意外逃脱；一直帮助林肯的律师掌握到了越来越多的线索……一切阴谋似乎都在慢慢揭开。。
